Обновлен массив данных iNaturalist в GBIF: 30 августа

Дорогие друзья!

У нас повод ещё раз рассказать о публикации данных iNaturalist через Global Biodiversity Information Facility, а также (традиционно) о рейтинге России. Последний раз мы писали о GBIF-массиве iNaturalist 21 день назад: https://www.inaturalist.org/projects/flora-of-russia/journal/39331-obnovlen-massiv-dannyh-inaturalist-v-gbif-11-avgusta . Давайте посмотрим, как продвигаются наши дела, ведь 30 августа 2020 г. массив данных iNaturalist, которые поступают в GBIF, был обновлен (https://doi.org/10.15468/ab3s5x).

Итак, многие из читателей нашего журнала уже знают, что данные (которые каждый из вас загружает на iNaturalist), достигшие исследовательского уровня и имеющие одну из трёх свободных лицензий (CC0, CC-BY, CC-BY-NC), экспортируются в GBIF (https://www.gbif.org/). Это единая точка доступа к 54 тысячам баз данных о биоразнообразии. Сейчас в GBIF 1,6 млрд записей, в т.ч. 19 275 102 штук из iNaturalist. В общей сложности, 67,4 млн записей в GBIF имеют сопутствующие изображения, видеофайлы или аудио (и это число стремительно растёт).

Hi all, this is a traditional overview of the activity of the Russian iNat-community in accumulation of GBIF-mediated data. iNaturalist data that reaches research grade and has one of three free licenses (CC0, CC-BY, CC-BY-NC) is exported to GBIF.

Если вы хотите что-то выгрузить из iNaturalist в табличном виде, то, прежде всего, появится вот такое сообщение: "Большие объёмы экспорта тормозят нашу инфраструктуру и усложняют для нас введение новых изменений. Следует рассмотреть другие источники. GBIF принимает большинство наших лицензированных наблюдений исследовательского уровня, и их инструменты экспорта превосходны. Экспорт GBIF также идет с doi, который вы можете указать, если публикуете исследования на основе данных, которые вы экспортируете, и эти ссылки чрезвычайно полезны для нас, поскольку они позволяют нам видеть, как используются данные iNat". Сейчас таких публикаций уже 772!

Any user can freely study all this data on the GBIF portal as well as download offline data of any size in the form of csv-downloads. The filters allow you to make sophisticated enquires and, in fact, browse better the electronic data on the biodiversity of a particular region.

Наблюдения из России, которые публикуются в iNaturalist, добавляются в GBIF тремя путями:
1) загрузка новых наблюдений (поле и архивы);
2) определение бэклога;
3) изменение пользователями настроек своих лицензий.

По противоположным причинам наблюдения могут быть автоматически отозваны из GBIF:
1) наблюдение удалено пользователем из iNaturalist;
2) наблюдение с исследовательским уровнем лишилось его (было переопределено);
3) пользователь поставил жёсткую лицензию для всех своих фотографий;
4) наблюдению присвоен статус "обыкновенное" (по разным причинам).

Обновление данных из iNaturalist позволило преодолеть две недели назад важный рубеж: теперь в свободном доступе в GBIF имеется свыше 5 млн записей о биоразнообразии России!

Итак, на данный момент, в GBIF индексируется уже 5,36 млн записей о биоразнообразии России - 5,25 млн с основной территории и 0,11 млн из Крыма. При этом, iNaturalist является самым большим по объему источником данных о природе России (занимает долю 17,1% по основной территории и 36,9% по Крыму). Эта доля постоянно растёт - примерно на 1% каждые две недели.

At the moment, GBIF has 5.36M records on biodiversity of Russia - 5.25M from the mainland and 0.11M from the Crimea. iNaturalist is the largest dataset on the nature of Russia (holds 17.1% for the mainland and 36.9% for the Crimea, and steadily increasing), so we monitor regularly the current stats of GBIF.

Вот, какие массивы данных по биоразнообразию России являются крупнейшими сегодня:

  1. iNaturalist Research-grade Observations 859 532
  2. Moscow University Herbarium (MW) 623 474
  3. RU-BIRDS.RU, Birds observations database from Russia and neighboring regions 374 552
  4. EOD - eBird Observation Dataset 282 227
  5. Geographically tagged INSDC sequences 195 599
  6. Locations of plants on dot distribution maps in the Flora of Siberia (Flora Sibiraea, 1987–1997) 169 854
  7. A grid-based database on vascular plant distribution in Vladimir Oblast, Russia 123 054
  8. Finnish Floristic Database (Finnish Museum of Natural History Collections) 106 396
  9. Birds of Northern Eurasia 86 992
  10. Chronicle of Nature - Phenology of Plants of Zhiguli Nature Reserve 86 524

Как обычно: догонялки. Напомним, что именно через GBIF легко и просто посмотреть насколько активны пользователи iNaturalist разных стран мира. Все мы видим борьбу регионов в зачетах "Флоры России" и в Кубке. Все наши данные идут в копилку России в мировом рейтинге и очень здорово влияют, прежде всего, на репутацию нашей страны в профессиональном научном мире. Чтобы было интереснее, мы поставили себе на этот год три цели. *** Цель 1: второе место в мире по наблюдениям сосудистых растений ***
  1. United States of America 3 874 632
  2. Canada 615 366
  3. Russian Federation 578 219
  4. New Zealand 260 054
  5. South Africa 245 450
  6. Mexico 236 749
  7. United Kingdom 182 462
  8. Germany 124 693
  9. Australia 124 559
  10. Taiwan 105 867
Пока мы занимаем третье место в мире, уступая Канаде 37,1 тыс. наблюдений (21 день назад было 62,6 тыс.). Отставание снова заметно сократилось! Напомним, что если, например, все пользователи портала "Флора России" решили бы перейти на открытые лицензии, то этот отрыв уже бы давно был преодолен. Прогноз: осенью, не сбавляя оборотов, Канаду мы догоним и выйдем-таки на второе место. УЧАСТВУЮТ: наблюдения сосудистых растений с территории России исследовательского уровня с лицензиями CC0, CC-BY, CC-BY-NC. *** Цель 2: третье место по наблюдениям всех организмов *** С Мексикой у нас идёт борьба в общем зачёте (по всем наблюдениям всех групп живых организмов, которые попадают из iNaturalist в GBIF) за третье место.
  1. United States of America 10 080 466
  2. Canada 1 595 934
  3. Mexico 884 680
  4. Russian Federation 859 532
  5. Australia 672 890
  6. New Zealand 491 585
  7. United Kingdom 452 679
  8. South Africa 439 709
  9. Germany 343 846
  10. Italy 281 304
Итак, сейчас отрыв от Мексики 25,1 тыс. наблюдений (21 день назад было 73,8 тыс.). Прогноз: через пару недель мы выйдем на третье место. Впрочем, темпы роста наблюдений из России в конце лета тоже замедляются. УЧАСТВУЮТ: наблюдения всех организмов с территории России исследовательского уровня с лицензиями CC0, CC-BY, CC-BY-NC. *** Цель 3: первое место по наблюдениям сосудистых растений (в зачёте по месяцам) *** Эта цель в данном сезоне так и останется нереальной, ведь мы замахнулись на то, чтобы обогнать США - родину iNaturalist. Пусть даже на месячной отметке и только по сосудистым растениям исследовательского уровня. И всё же давайте снова смотреть на цифры. Немного истории: немногие помнят, но каждый раз по итогам месяца в мае, июне, июле, августе и сентябре 2019 года Россия занимала третье место по сосудистым растениям, уступая США и Канаде. В этом году мы стабильно вторые. Вот данные за июль 2020 г.:
  1. United States of America 141 506
  2. Russian Federation 81 411
  3. Canada 49 782
  4. United Kingdom 13 574
  5. Germany 10 361
И начало августа 2020 г.:
  1. United States of America 70 155
  2. Russian Federation 42 684
  3. Canada 19 684
  4. United Kingdom 7 043
  5. Australia 5 377

Постепенно мы уступаем США в 1,74 (июль) и 1,64 (август) раза. Что ж, выходит не этим летом! Но, в любом случае, отрадно то, что в этом сезоне мы с вами стали вторым по мощности национальным ботаническим сообществом iNaturalist. УЧАСТВУЮТ: свежие полевые наблюдения 2020 г. сосудистых растений с территории России исследовательского уровня с лицензиями CC0, CC-BY, CC-BY-NC.

Всем спасибо! Каждому спасибо!


Давайте посмотрим, что изменилось за две недели в деле активного насаждения открытых лицензий. Если вы хотите поучаствовать в GBIF, то это просто! Каждый пользователь может зайти в личный кабинет (только на сайте, ведь в приложении этой функции нет) и поставить/поменять лицензию. У наблюдений, которые не идут в GBIF, стоит в паспорте наблюдений пометка "Все права защищены" (справа внизу), а у тех, что идут - "Некоторые права защищены". К сожалению, в приложениях по умолчанию стоит "All rights reserved", что запрещает использовать ваши данные даже в научных целях и передавать их в GBIF.

Вот пошаговая инструкция для придания вашим наблюдениям статуса "открытые данные":
1) зайдите через компьютер или интернет-браузер смартфона на сайт iNaturalist.org
2) залогиньтесь и зайдите в раздел "Настройки учётной записи" (по стрелке в правом верхнем углу рядом с вашим аватаром)
3) пролистайте до раздела "Лицензирование"
4) в разделах "Лицензия наблюдения по умолчанию", "Лицензия фото по умолчанию", "Лицензия аудио по умолчанию" проставьте одну из первых трёх лицензий: CC0, CC-BY, CC-BY-NC
5) обязательно поставьте три галочки "Обновить существующие наблюдения (фото, аудио) новыми вариантами лицензий", чтобы лицензия обновилась на всех загруженных прежде фотографиях
6) в конце страницы нажмите синюю кнопку "Сохранить"

Итак, в GBIF-зачет попадают не все наблюдения, а только те, что достигли "Исследовательского уровня" и имеют свободную лицензию - CC0, CC-BY или CC-BY-NC. Успех нашей страны в GBIF/iNaturalist во многом связан с активностью профессиональных ученых, которые подтверждают находки (а, зачастую, и публикуют на iNaturalist свои данные) и разумностью пользователей, которые в личных кабинетах на сайте поставили для своих наблюдений свободные лицензии, а, значит, такие наблюдения могут использоваться научным сообществом.

Приведенные ниже списки актуализированы на 20 августа. Если вы перешли на открытые лицензии после прошлого поста в период с 20 по 31 августа, то эти данные еще не обновились в GBIF.

Вот пользователи (из числа топ-500 наблюдателей по флоре России), которые перешли на свободные лицензии, но случайно не обновили их для всех наблюдений (было 12 человек, осталось всего пятеро):

@naturalist16000 -152
@natalia_polyakova -60
@stsenator -51
@alebedev -47
@shatrova71 -28

Вот пользователи (из числа топ-500 наблюдателей по флоре России), которые пока не перешли на свободные лицензии, а потому их данные не идут в GBIF (было 107 человек, осталось не больше 80):

@cava -1 941
@natalya1406 -1 329
@sergeyus -1 293
@evgeniy_benikhanov -1 141
@tarasov -841
@naturalist19164 -646
@vera_chistyakova -612
@nellysemenova -576
@naturalist26231 -552
@andreytikhonov -528
@annalaenko -515
@artem2013 -493
@khairulla -484
@nadya9 -75
@alakey -462
@nikita_grechesky -441
@missnarjess -430
@tatyana20 -411
@svetlana_koveshnikova -402
@olgakrilova -387
@naturalist14385 -379
@naturalist35087 -377
@mariafazilova -362
@annagamzina -356
@daria1813 -354
@aagladilin -345
@julujka -345
@julia_fodina -337
@deniszhbir -334
@tbsilaeva -328
@simonkamnev -323
@vera124 -311
@lubovschnaider -304
@proshinmaxim -303
@yanabykova09 -301
@kkatya -301
@naturalistcvetlana -296
@olesiahaha -296
@vlbury -293
@angelinaguryanova -278
@irinaber -277
@keytmaksimova -268
@angelina237 -266
@dmitry_kulakov -266
@naturalist38499 -264
@rudentzova -264
@borovicheveugene -264
@digitata -254
@olga_zavgorodnyaya -252
@marinakrygina -247
@irinaki -246
@marinakhanduyk -246
@karpova -244
@naturalist13989 -244
@verba -244
@natalia_trifuz -233
@alena_golovchenko -232
@anastasialoseva -229
@alexandrtichonov -229
@acanthisflammea -223
@naturalist41466 -221
@naturalist33665 -221
@nataliashevchenko -213
@nekto -211
@vicia -211
@kristina_gayderova -209
@naturalist35099 -202
@nadik -199
@naturalist42003 -196
@freikeit -196
@naturalist31744 -194
@spichacova -194
@andrewbazdyrev -193
@alyona4 -192
@leoporyadin -190
@naturalist_nadezhda -189
@zoyagolovkova -187
@esinm -185
@monsieurzhukov -185
@anton_nikolaev -182
@vikakazakova -180

Отдельно отмечу, что 98 из топ-100 наблюдателей проекта "Флора России" перешли на свободные лицензии, а доля наблюдений проекта, заблокированных жёсткими лицензиями, сократилась до 13,6%! Это наше большое общее достижение в деле открытого доступа к данным о биоразнообразии. Большое спасибо, что не оставили без внимания предыдущий пост. Возможно, в этот раз отклик будет еще шире.


P.S. Вот пользователи, которые внесли максимальный вклад за последние 21 день в проект "Флора России" и используют при этом открытые лицензии: ссылка.

Posted by apseregin apseregin, September 01, 2020 09:08

Comments

No comments yet.

Add a Comment

Sign In or Sign Up to add comments