Статья "Flora of Russia" on iNaturalist: a dataset вышла в престижном научном журнале "Biodiversity Data Journal"

Дорогие друзья!

Наша статья "Flora of Russia" on iNaturalist: a dataset опубликована сегодня в Biodiversity Data Journal (IF = 1.029; Q2). Соавторы статьи - 112 наиболее активных наших участников, согласившихся войти в авторский коллектив, при этом каждый из них соответствовал трём критериям одновременно (к 8.09.2020):

  1. топ-500 в качестве наблюдателя
  2. топ-200 в качестве эксперта
  3. подписчик проекта "Флора России" на iNaturalist

Ссылки на статью:

Библиографическая ссылка:
Seregin A.P., Bochkov D.A., Shner J.V., Garin E.V., Pospelov I.N., Prokhorov V.E., Golyakov P.V., Mayorov S.R., Svirin S.A., Khimin A.N., Gorbunova M.S., Kashirina E.S., Kuryakova O.P., Bolshakov B.V., Ebel A.L., Khapugin A.A., Mallaliev M.M., Mirvoda S.V., Lednev S.A., Nesterkova D.V., Zelenova N.P., Nesterova S.A., Zelenkova V.N., Vinogradov G.M., Biryukova O.V., Verkhozina A.V., Zyrianov A.P., Gerasimov S.V., Murtazaliev R.A., Basov Y.M., Marchenkova K.Yu., Vladimirov D.R., Safina D.B., Dudov S.V., Degtyarev N.I., Tretyakova D.V., Chimitov D.G., Sklyar E.A., Kandaurova A.N., Bogdanovich S.A., Dubynin A.V., Chernyagina O.A., Lebedev A.V., Knyazev M.S., Mitjushina I.Yu., Filippova N.V., Dudova K.V., Kuzmin I.V., Svetasheva T.Yu., Zakharov V.P., Travkin V.P., Magazov Y.O., Teploukhov V.Yu., Efremov A.N., Deineko O.V., Stepanov V.V., Popov E.S., Kuzmenckin D.V., Strus T.L., Zarubo T.V., Romanov K.V., Ebel A.L., Tishin D.V., Arkhipov V.Yu., Korotkov V.N., Kutueva S.B., Gostev V.V., Krivosheev M.M., Gamova N.S., Belova V.A., Kosterin O.E., Prokopenko S.V., Sultanov R.R., Kobuzeva I.A., Dorofeev N.V., Yakovlev A.A., Danilevsky Y.V., Zolotukhina I.B., Yumagulov D.A., Glazunov V.A., Bakutov V.A., Danilin A.V., Pavlov I.V., Pushay E.S., Tikhonova E.V., Samodurov K.V., Epikhin D.V., Silaeva T.B., Pyak A.I., Fedorova Y.A., Samarin E.S., Shilov D.S., Borodulina V.P., Kropocheva E.V., Kosenkov G.L., Bury U.V., Mitroshenkova A.E., Karpenko T.A., Osmanov R.M., Kozlova M.V., Gavrilova T.M., Senator S.A., Khomutovskiy M.I., Borovichev E.A., Filippov I.V., Ponomarenko S.V., Shumikhina E.A., Lyskov D.F., Belyakov E.A., Kozhin M.N., Poryadin L.S., Leostrin A.V. (2020) "Flora of Russia" on iNaturalist: a dataset. Biodiversity Data Journal 8: e59249. https://doi.org/10.3897/BDJ.8.e59249

Коллектив предыдущей статьи, вышедшей в начале весны в "Журнале общей биологии", составлял 67 человек, которые соответствовали тем же исходным критериям. Это здорово, что к нам присоединилось столько активных участников - как в качестве экспертов, так и в качестве наблюдателей.

Posted by apseregin apseregin, November 17, 2020 17:43

Comments

Thumb

Ура :) и поздравления!

Posted by prokhozhyj 5 months ago (Flag)
Thumb

Мои поздравления!

Posted by tanyastrus 5 months ago (Flag)
Thumb

Поздравления и новых достижений!

Posted by svetlana-bogdanovich 5 months ago (Flag)
Thumb

ура!

Posted by katerina_kashirina 5 months ago (Flag)
Thumb

Я сейчас зашел в Web of Science, посмотрел BDJ и принес две новости, хорошую и плохую.
Импакт-фактор 1.331 а не 1.029, но квартиль Q3, а не Q2.
Странно откуда такие разночтения. Может быть у них данные обновились?

Posted by oleg_kosterin 5 months ago (Flag)
Thumb

а не по Scopus Q2? у журнала же разный квартиль в WoS и Scopus

Posted by katerina_kashirina 5 months ago (Flag)
Thumb

Да, Олег прав: по wos 1.331, квартиль Q3
Я смотрел по нашей корпоративной системе ИСТИНА, там импакт предыдущий, а квартиль выбирается лучший из скопуса или wos
Если честно, я не очень силён в библиометрии

Posted by apseregin 5 months ago (Flag)
Thumb

@hapugin88 , Анатолий, расскажите вкратце о рубриках скопуса и wos, по которым считают квартили

Posted by apseregin 5 months ago (Flag)
Thumb

что это вообще значит всё?

Posted by yurii_basov 5 months ago (Flag)
Thumb

на главной странице сайта журнала есть данные:

WoS Journal Impact Factor (JIF): 1.331 Q3:Biodiversity Conservation
Scopus CiteScore 2019: 2.1 Q2: Ecology Q2: Ecology, Evolution, Behavior and Systematics

Posted by katerina_kashirina 5 months ago (Flag)
Thumb

@yurii_basov , это наукометрические параметры журнала (весьма неплохие). Важны для тех, у кого отчёты по грантам и прочее им подобное.

Posted by prokhozhyj 5 months ago (Flag)
Thumb

@prokhozhyj благодарю за ответ!

Posted by yurii_basov 5 months ago (Flag)
Thumb

внимательно прочитал, не нашел какую долю наблюдений представленного массива данных собрали сами авторы

Posted by max_carabus 5 months ago (Flag)
Thumb

похоже, что никто не знает, даже первый автор.
А в курсе ли авторы данной работы, что архив, опубликованный через Zenodo, который является основой данной работы, имеет лицензию CC-BY, при этом более 90% записей в нем с более строгими лицензиями, в т.ч. Copyright, т.е. несовместимыми с CC-BY? Что является грубым нарушением использования данных из открытых источников.

Posted by max_carabus 5 months ago (Flag)
Thumb

Позвольте выразить свое мнение, которое может не совпадать с мнениями других: мне, по большому счету, все равно, кто и как дальше будет использовать эти данные, если они кому-то пригодятся, это хорошо. Если бы мне хотелось отстаивать свои авторские права, то я бы патентовала базу данных, а не выкладывала в сеть, а потом гадала над типами лицензий, отслеживала, указал ли пользователь ссылку на данные и каким образом он это сделал....Поэтому, на второй вопрос, ответ - не в курсе и даже не хочется заморачиваться.

Posted by katerina_kashirina 5 months ago (Flag)
Thumb

А мне бы хотелось знать если кто-то использует мои данные и для чего. Интересно.

Posted by tanyastrus 5 months ago (Flag)
Thumb

Есть мнения, а есть общепринятые правила публикации и использования опубликованных данных. Это не из юридической сферы деятельности, а научной этики, т.е. добросовесности исследователей и авторов публикаций.
К сожалению, далеко не все этому придают значение. А это на самом деле, в первую очередь, вопрос уважения ко всем, кто потратил свои силы и время на сбор и обработку данных.

Posted by max_carabus 5 months ago (Flag)
Thumb

"имеет лицензию CC-BY, при этом более 90% записей в нем с более строгими лицензиями,"
Вы имеете в виду коллизию с отсутствием NC? Большинство наблюдений имеет лицензию CC-BY-NC, которая рекомендуется по умолчанию iNaturalist (если регистрироваться с компьютера, а не с телефона). (Тут я думаю все же скорее "из юридической сферы дятельности", так как придумать коммерченское использование этой информации будет непросто.)

Posted by oleg_kosterin 5 months ago (Flag)
Thumb

сами посмотрите и убедитесь, что нет тут никакой коллизии, есть сознательное нарушение правил использования данных: https://zenodo.org/record/4061848#.X75wbGU7vmH

Posted by max_carabus 5 months ago (Flag)
Thumb

Но где же я смогу сам посмотреть по какой причине нарушение не может быть названо коллизией?

Posted by oleg_kosterin 5 months ago (Flag)
Thumb

в каком-то разделе учебника по философии или юриспруденции, скорее всего, с примерами, когда запутанные правила приводят к противоречиям.

С использованием данных всё просто:

Традиционные правила научного цитирования соответствует лицензии CC-BY,
поэтому неспециализированный научный репозиторий Zenodo этого варианта придерживается
Лицензия набора данных должна включать ВСЕ ограничения, которые лицензии отдельных записей накладывают.
Данных Coryright там не должно быть вообще.

Posted by max_carabus 5 months ago (Flag)
Thumb

А какая разница, какой процент собрали авторы? Это ни на что не влияет в данном случае.

Posted by melodi_96 5 months ago (Flag)
Thumb

Когда есть сводный массив данных, обычно указывают, сколько своих данных, а сколько не своих. Так просто принято, как мне кажется. Кроме того, авторы обычно в своих данных уверены, чего нельзя сказать о данных собранных не ими самими. При том, что какой-либо реальной работы по оценке качества данных не было. Потом, такие подробности показывают насколько авторы владеют данными (= разбираются в них).
Кроме вопроса о доли участия авторов непосредственно в сборе данных, есть еще ряд вопросов о данных и по самой статье, но, понимаю, что вряд ли получу тут на них ответ. Поэтому написал свои соображения в виде комментария к статье: https://bdj.pensoft.net/article/59249/list/13/

Posted by max_carabus 4 months ago (Flag)
Thumb

И что Вы хотите этим сказать? Что сотни тысяч наблюдений не имеют научной ценности?
В рамках России как государства с площадью в миллионы квадратных километров 50 км это вполне допустимая погрешность, когда речь не идёт о региональной флоре, ибо это примерно 1.25% погрешности по сравнению с шириной в 4 тыс км.
А цель тут как раз таки очевидна - сбор данных до уровня, когда с ними уже можно работать. Цель же статьи, по крайне мере частично - привлечение широкого круга людей, в том числе и учёных.
По лицензиям не могу ничего сказать, это далёкая от меня тема.

Posted by yurii_basov 4 months ago (Flag)
Thumb

@max_carabus , спасибо за комментарий!

В наше время очень много статей, которые что-то сообщают (не всегда верное), но очень мало критических публикаций, и это очень хорошо, что научная критика не умерла.

Помимо важных (и не очень) объективных недостатков (от несоответствия копирайта до употребления слова "портал" - о них я говорить не буду, так как они говорят сами за себя), Ваш комментарий перенасыщен достаточно субъективными оценочными суждениями, в том числе и по мелочам . Создается впечатление, что в нем собрано все что только можно сказать нелицеприятного (хотя Вы, возможно, скажете, что это лишь малая часть). В результате весь комментарий воспринимается как результат сугубо личного и эмоционального негативного отношении автора к данному проекту, что настраивает читателя критически уже и к самому комментатору и мешает воспринимать элементы заслуженной критики.

Основной посыл комментария - почему вместо этой не была сделана гораздо лучшая статья, опирающаяся на гораздо более точные данные и использующая гораздо более мощные или изощренные методы. Однако это всегда можно сказать вообще о любой научной работе (и нередко говорится в анонимных рецензиях).

Также и методы бывают простые и сложные, с низкой и высокой разрешающей способностью - оставаясь при этом методами. Даже простое использование функций iNaturalist - тоже метод, хотя и чрезвычайно простой и не слишком точный. Главное, чтобы он был описан и его точность принималась во внимание (что в данном случае и сделано).

Достойна ли публикации статья, сделанная простыми методами и не претендующая на глубокие выводы - решают рецензенты и редакция. В данном случае они решили что достойна, Вы бы решили иначе (а может быть и решили уже в роли рецензента). Ну что ж, благодаря этой вот лотерее в науке и поддерживается жизнь, иначе она бы превратилась в диктат замшелых авторитетов,.

Кульминацией рецензии, своего рода приговором, является утверждение , что любой мог бы сделать такую статью на основе данных в iNaturalist. Помилуйте, но ведь ровно это и произошло! И так оно всегда и делается! Кто-то взял и сделал. Получилась длинная и по всей длине достаточно интересная статья, с графиками, картами, таблицами, которые сообщают много любопытного обо всем этом движении. Она потребовала весьма много работы. А не сделал бы - и ничего этого не было бы, негде все это прочитать, негде посмотреть и подумать. Разве это было бы лучше? Опять-таки, почти любую научную статью мог бы сделать "любой", если бы имел такое намерение, получил бы необходимые образование и опыт и имел необходимые ресурсы. Любую статью делает кто-то - а мог бы ведь и не делать. ОК, статью подобную этой могло бы сделать гораздо больше таких "любых", чем что-нибудь очень высокотехнологичное, ну и что? Этой статьи не было, теперь она есть, и это здорово. И очень вряд-ли ее потом сделал какой-нибудь иной "любой". Но и это было бы также хорошо.

Автор комментария казалось бы полагает, что горшки обжигают боги, а науку делают только сверхсерьезные ученые (к каквым он наверняка сам принадлежит) и только мощными и изощренными методами. Да, в науке есть и этот слой, но она гораздо шире и в других ее слоях менее значимые, но все же результаты получаются более простыми методами, и они тоже востребованы, и все это наука.

Немного встречной конкретики.

Вы полагаете, что использование функций iNaturalist не является научным методом. Является, пусть и простым. К примеру, анализ нуклеотидных последовательностей также предполагает использование программного обеспечения, созданного специально для этих целей сторонними разработчиками. (Пусть обычно используется несколько пакетов программ, суть от этого не меняется - бывают более простые и более сложные задачи.) Это и есть самая распространенная научная практика - кто-то разрабатывает методы, кто-то их применяет к частным задачам, которые им интересны, и это разные авторские коллективы.

Я не вникал в детали, но скорее всего утверждение, что при подготовке статьи использовался только функционал iNaturalist - неверно. Из комменатриев к проекту и переписки следовало, что шла дополнительная работа с данными, с использованием дополнительного программного обеспечения (возможно даже специально для этого написанного - скорее всего это подробнее может осветить @kildor). Не говоря уж о том, что iNaturalist не рисует карт и графиков - а это тоже немалая работа по представленю соответствующих данных читателю.

Дупликация данных - может быть не слишком хорошо, но лучше их отсутствия. Если она нужна для удовлетворения формальных требований - почему бы и нет. К тому же, хотя в iNaturalist эти данные и содержатся, но их оттуда нужно еще извлечь (и уметь это делать) - а здесь они извлечены и представлены.

Posted by oleg_kosterin 4 months ago (Flag)
Thumb

Резюмируя - создается впечатление (буду рад ошибиться). что Ваше неприятие сводится к тому, что кто-то взял и сделал то, что было бы легко самостоятельно сделать людям с Вашей квалификацией, но им это не интересно. Вместо того чтобы сделать нечто воистину серьезное, которое было бы интересно также и таким продвинутым ученым. Это значит, что Вы всего лишь не попадаете в круг научных и околонаучных читателей, на которых эта статья ориетирована (эка невидаль - самая обычная ситуация!). А он существует, и заведомо шире, чем даже список соавторов этой статьи.

Posted by oleg_kosterin 4 months ago (Flag)
Thumb

Для привлечения широкого круга людей есть научно-популярные журналы и не менее авторитетные.
National Geographic, например.

А в Biodiversity Data Journal публикуются СТАТЬИ О ДАННЫХ (Data Paper).
Набор данных может быть и небольшим, но выверенным и грамотно оформленным.
И научная значимость статьи о данных заключается в том, что прочитав, можно взять этот набор данных и сразу начать с ним работу. В случае данной публикации сделать это невозможно, так как соединить 4 огромных Excel файла в один для большинства будет непреодолимой трудностью.
(к тому же архив администрацией Zenodo был закрыт из-за нарушения лицензий)
Кроме того, чтобы потрудиться объединить весь массив в один файл, можно было бы чего-нибудь еще полезное в него добавить, чтобы показать, что с ним была какая-то реальная работа.
Например, код области/субъекта, в котором было сделано наблюдение.
Про оценку качества данных я в комментариях к самой статье написал, повторяться не буду.

Posted by max_carabus 4 months ago (Flag)

Add a Comment

Sign In or Sign Up to add comments