7000 видов !!!

Дорогие друзья!

Постепенно мы доползли до отметки в 7000 видов. Это отличное достижение! К сожалению, не удалось отследить, какой именно вид стал семитысячным: под номером 6999 была подтверждена давно загруженная Alisma × juzepczukii (https://www.inaturalist.org/observations/59978735), которую нашёл @andrey_358 на острове Котлин.

Достижению этой цифры способствовало несколько важных событий, которые заметно улучшили общее курирование нашего массива данных и его надежность. Этот путь занял больше трех месяцев.

Первое.

За это время у нас появился онлайн-инструмент отлова новинок, который разработал Константин Романов (@kildor). Инструмент находится тут: https://kildor.name/inat/new-species . Он помогает находить и выводить списком новинки для проекта в любой заданный промежуток времени (по датам загрузки наблюдений).

Второе.

31 июля мы провели первый раунд чистки данных, проанализировав все находки редких для проекта "Флора России" видов (виды, известные по 1, 2 или 3 наблюдениям): https://www.inaturalist.org/projects/flora-of-russia/journal/38931-borba-s-bioraznoobraziem-v-proekte-flora-rossii . Выгруженный 23 июля бэкап объемом 610 000 записей был отфильтрован на предмет редких таксонов: тех, по которым есть от 1 до 3 записей. Это были кандидаты на первую волну зачистки: это 4658 записей по 2785 таксонам. Самыми интересными (и сомнительными) были уникальные находки. Таковых насчитывалось 1446 единиц (и таксонов, и наблюдений). Их и нужно было по одной проверить "на вшивость".

Итак, на 31 июля в проекте "Флора России" насчитывалось 6939 видов сосудистых растений, а 3 августа этот показатель упал до 6826 видов (https://www.inaturalist.org/posts/39040-640-000-nablyudeniy-1-500-podpischikov) и, наконец, к 15 августа до 6793 видов (https://www.inaturalist.org/posts/39429-680-000).

Типовые проблемы нашего массива данных были таковы: (1) культурные растения не обозначены как культурные (к счастью, это не катастрофические объемы); (2) непредсказуемое использование типовых разновидностей/подвидов (у нас 490 штук Stellaria nemorum и одна Stellaria nemorum subsp. nemorum); (3) иногда попадаются номенклатурные синонимы в качестве принятых названий (есть и Achnatherum bromoides, и Stipa bromoides) - такого не должно быть вовсе; (4) специфическая проблема iNaturalist: замораживание наблюдений на уровне рода, если, по мнению кого-либо, дальнейшее определение невозможно - в общем, проблема в том, что люди слишком смело морозят то, что вполне можно назвать до вида; (5) (ожидаемо) неправильные определения.

Третье.

Второй раунд чистки данных включал только уникальные находки. Проведен 16 сентября (по выгрузке от 8.09.2020 г.). Всего 1215 записей: 1013 видов (в т.ч. 19 гибридов), 133 внутривидовых таксона (не типовых), 36 типовых внутривидовых таксонов, 33 неопределяемых рода. Второй раунд вызвал живую дискуссию участников (см. комментарии к оригинальному посту https://www.inaturalist.org/posts/40565-unikalnye-nahodki-unique-records ).

Этот этап чистки позволили выявить ряд ошибок, но не привёл к заметному снижению числа зарегистрированных видов: так, на 13 сентября в проекте "Флора России" насчитывалось 6877 видов сосудистых растений (https://www.inaturalist.org/posts/40444-760-000), а 22 сентября этот показатель составил уже 6896 видов (https://www.inaturalist.org/posts/40875-780-000).

Четвертое.

На тех же принципах уникальности я поработал с выгрузкой бэклога на 6.11.2020 (https://www.inaturalist.org/projects/flora-of-russia-needs-id-backlog), составив список видов с единственным наблюдением в бэклоге.

Это оказался важный список (альфа-версия доступна тут: https://www.inaturalist.org/journal/apseregin/43660-sokraschenie-bekloga ), требующий очень аккуратных определений (и проверки имеющихся). Оказалось, что это одновременно и источник наиболее вероятных ошибок в определениях (особенно ИИ), и источник новых видов в проект "Флора России", и источник случайного RG для сугубо культурных видов. Приглашаю всех экспертов присоединиться к зачистке уникальных наблюдений бэклога (пока в нем 5052 вида). Во второй версии этой выгрузки видов будет очевидно раза в два меньше, а наблюдения из альфа-версии будут выделены.

Posted by apseregin apseregin, November 06, 2020 13:06

Comments

Thumb

super !

Posted by radekwalkowiak 4 months ago (Flag)
Thumb

7000 out of conservative old estimate 12,500 by Kamelin (2007)

Posted by apseregin 4 months ago (Flag)
Thumb

Недопонял. Список видов с единственным наблюдением в бэклоге - посмотрел свои наблюдения, и сразу вижу, что в исследовательском-то уровне наблюдения этих видов есть, и только одно наблюдение осталось в бэклоге. См, например, https://www.inaturalist.org/observations/38151373 - есть еще с десяток подтвержденных (правда, тоже моих). Получается, что это это список наблюдений видов, которые сделаны одним наблюдателем (и только им), и одно из наблюдений оказалось в бэклоге ?

Posted by taimyr 4 months ago (Flag)
Thumb

Это просто список уникальных находок в бэклоге на текущую секунду (в пределах бэклога, без учета автора наблюдения). С основным списком пока не сравнивал, сделаю это в меньшей по объему бета-версии, когда пройдемся по этой.
Но каждый переопределенный / верифицированный вид из этого списка даст "-1" от числа видов в бэклоге.

Posted by apseregin 4 months ago (Flag)
Thumb

C ферулой, которая номер 7001, непонятки. F. soongarica - не то же самое, что F. songarica?
Плантариум и плантлист знают только F. songarica, в других источниках местами только soongarica, и авторы одинаковые - наводит на мысли об опечатке.
F. songarica, в свою очередь, у нас уже есть.

Posted by madmanserg 4 months ago (Flag)
Thumb

Да, точно. Поправил

Posted by apseregin 4 months ago (Flag)
Thumb

№ 1448, который мне определяли как Paspalum distichum (Poaceae): https://www.inaturalist.org/observations/60948506 , я как раз сегодня переназвал. По мне, так это свинорой (нынче утром ещё раз на него посмотрел: https://www.inaturalist.org/observations/64286469). Правда, что он в Москве делает... Но больше ничего придумать не смог.

Posted by prokhozhyj 4 months ago (Flag)
Thumb

Это отлично,но всё таки какие же все мы еще дети.И это очень здорово

Posted by svg52 4 months ago (Flag)
Thumb

Результат повышенного внимания к приведенному списку пока парадоксальный - +6 видов :)
Я кстати, догадываюсь, какой вид стал 7000-м - это добавленная утром в базу kastani по просьбе petr_kosachev Sorbus sibirica - https://www.inaturalist.org/taxa/1148360-Sorbus-sibirica. Так что теперь еще задачка - пройти по всем сибирским и части арктических восточноевропейских и дальневосточных Sorbus aucuparia и переопределить

Posted by taimyr 4 months ago (Flag)
Thumb

Ещё не всё синонимы сведены. Про Malabaila graveolens (которая теперь пастернак) написала уже два романа (флаг к виду и комментарий к роду), а воз и ныне там, хотя всего-то надо привести в соответствие с POWO. Так что этот вид у нас дважды, хорошо, что не четырежды, как был Ligusticum - Macrosciadium-Cnidiocarpa- Selinum alatum

Posted by julia_shner 4 months ago (Flag)
Thumb

@taimyr западносибирские рябины все без разбору в сибирские засунуть или могут встречаться и обыкновенные?

Posted by yurii_basov 4 months ago (Flag)
Thumb

Sorbus sibirica по powo синоним
В принципе, мелкий вид это неплохо, но кто бы взялся всё переназвать теперь?
Он появился заметно раньше 7000-й отметки, ещё 5-гочисла

Posted by apseregin 4 months ago (Flag)
Thumb

Я возьмусь, потихоньку сделаю, пусть только сообщество подтверждает. Кстати, обнаружил, что в базе сейчас есть и Sorbus glabrata - Кольский-Канин.
@yurii_basov По Флоре Сибири в ней (включая западную Сибирь), S.aucuparia вообще нет, в Европе на севере вроде как она начинается от Печоры, так что да, можно без разбору, кроме разве что культурных, но мы их особо и не рвссматриваем

Posted by taimyr 4 months ago (Flag)
Thumb

В POWO это синоним, в любой момент все труды по Sorbus sibirica могут снести.
Гипотетически есть инструмент технологичной дележки видов по географии:
https://www.inaturalist.org/blog/40417-using-a-taxon-split-input-as-an-output

Доступен кураторам, но, очевидно, не требует ручной работы и дальнейшего подтверждения

Posted by apseregin 4 months ago (Flag)
Thumb

Пожалуй инструмент-то тут действительно лучше подойдёт. И в случае сноса sibirica как синонима пропадёт гораздо меньше труда, чем при ручной работе. Остаётся лишь найти куратора, который согласится на сие

Posted by yurii_basov 4 months ago (Flag)
Thumb

Мне кажется, "деление рябин" - это последнее, чем надо заниматься вручную..
столько всего ещё недоделанного-недоопределённого..

Posted by natalia_gamova 4 months ago (Flag)
Thumb

@kastani посмотрите пожалуйста, имеет ли смысл разбираться с рябиной сибирской "автоматически" (см. сообщение выше от А.П.)

Posted by natalia_gamova 4 months ago (Flag)
Thumb

@julia_shner @apseregin @natalia_gamova @yurii_basov
Снести Рябину сибирскую не должны, в комментарии к введению нового вида указал, зачем осуществлена девиация от POWO с соответствующими отсылками к литературе и дискуссии - так что только если какой-нибудь очень невнимательный куратор попадётся. Ранее по просьбе @taimyr введены несколько видов Caltha, все - синонимы C. palustris в POWO, пока держатся.
Делить по географии буду впервые - надо разобраться, что к чему; так что мне понадобится некоторое время.

Кстати, вручную подбиты Pedicularis elata и Aqulegia jucunda, на отсутствие в базе которого обратил внимание @petr_kosachev, благо - таковых наблюдений не так много оказалось.

C Malabaila разобрались - разнесён в Pastinaca и Leiotulus.

Всем успехов в находках!

Posted by kastani 4 months ago (Flag)
Thumb

Кстати, полгода назад здесь (в журнале) делили Orthilia на obtusata и secunda - тоже синонимы по POWO. А в сентябре я имел наглость отправить куратору Fabaceae на добавление только что описанный вид с Путорана со ссылкой на статью в БЖ - добавили :)

Posted by taimyr 4 months ago (Flag)
Thumb

@kastani, Руслан, огромное вам спасибо! Надеюсь, что острую фазу массового добавления новых таксонов мы прошли

Posted by apseregin 4 months ago (Flag)
Thumb

@kastani спасибо!

Posted by julia_shner 4 months ago (Flag)
Thumb

@kastani спасибо за отзывчивость!

Posted by yurii_basov 4 months ago (Flag)
Thumb

Ликвидировал 1 подвид - Ranunculus acris ssp. borealis - это, как я выяснил, ну очень устаревший синоним R. propinqus subboreais, его нет ни в POWO, ни даже в Черепанове, и вообще непонятно, откуда он в базе взялся. @kastani - можно прибить или синонимизировать, было 7 наблюдений и только в России

Posted by taimyr 4 months ago (Flag)
Thumb

@taimyr можно было оставить, для вида есть флаг - при синонимизации (taxon swap) все определения автоматически поменяются
https://www.inaturalist.org/flags/406642

Posted by kastani 4 months ago (Flag)
Thumb

товарищи, тут кучу ослинников в один вид объединяют https://www.inaturalist.org/taxon_changes/60189 может кому интересно

Posted by yurii_basov 4 months ago (Flag)
Thumb

Этот черновик уже полтора года висит, никто не решается

Posted by julia_shner 4 months ago (Flag)
Thumb

@julia_shner Спасибо, а то я пока определял свой ослинник наткнулся в нескольких источниках на то, что они все разные виды, а тут такое...

Posted by yurii_basov 4 months ago (Flag)

Add a Comment

Sign In or Sign Up to add comments