La estimación histórica de la población para Chelonoidis donfaustoi es de alrededor de 13,500 animales para esta población oriental de Santa Cruz en Cerro Fatal, antes de la extensa explotación en el siglo XIX (menos de tres generaciones atrás, con una duración de generación de 60 años). Esta población se estima actualmente en alrededor de 400 animales (~ 250 adultos), lo que indica una tasa de disminución de tres generaciones de alrededor del 97%; también hay 97 juveniles adicionales criados en el Centro de Tortugas de la Dirección del Parque Nacional Galápagos en Santa Cruz.