Новичкам (и не только) о GBIF

Всем привет!

Выходные, в которые проводится 1/8 Командного кубка, - это то время, в которое внимание приковано к новостям нашего проекта. Думаю, это замечательная возможность несколько слов снова сказать о GBIF, тем более там обновились данные из iNaturalist.

Итак, в проекте "Флора России | Flora of Russia" (https://www.inaturalist.org/projects/flora-of-russia) мы собираем данные о дикорастущих и ускользающих из культуры растениях нашей страны. В общем зачете получается что-то вроде табло соревнований между регионами. Нечто похожее есть в закладке "Наблюдатели" - можно посмотреть, кто сколько загрузил видов или наблюдений. Число определений можно посмотреть в закладке "Эксперты". В общем, вроде как состязание.

Однако, мы делаем большое общее дело. У нас есть активные пользователи с Камчатки и Калининградской области, Сибири и Москвы, Приморья и Дагестана. Именно такие большие дела действительно объединяют нашу страну. Жаль только, что экспертов по всем региональным флорам явно не достает.

Данные из iNaturalist регулярно экспортируются в Global Biodiversity Information Facility (http://gbif.org/). Это мегабаза, агрегирующая данные почти 45 000 баз данных о биоразнообразии, в т.ч. из iNat. В целом, пользоваться этой базой довольно удобно, там интуитивно понятные фильтры поиска. Всего же на GBIF 1 300 000 000 (один миллиард триста миллионов) записей о находках, встречах и образцах всех видов живых организмов Земли, а еще очень много фотографий (41,5 млн штук). Именно благодаря GBIF можно легко посмотреть статистику России в iNaturalist на фоне других стран. Как раз 20 мая массив был обновлен.

Итак, по сосудистым растениям Россия занимает шестое место в мире (и, невероятно, первое место в Евразии):

United States of America 1,870,193
Canada 196,965
New Zealand 168,484
Mexico 131,026
South Africa 117,300
Russian Federation 48,234
United Kingdom 36,935
Italy 35,836
Taiwan 32,703
Germany 32,381

По всем находкам (в т.ч. грибы, животные, водоросли и проч.) мы девятые, впрочем разгон у нас такой, что скоро съедим и немцев, и итальянцев:

United States of America 5,011,159
Canada 557,747
Mexico 543,580
New Zealand 304,423
Australia 248,683
South Africa 225,248
Italy 120,441
Germany 111,950
Russian Federation 101,712
United Kingdom 95,403

А теперь вопрос для наблюдательных: 17 мая у нас в проекте было 66 788 наблюдений, а в GBIF спустя три дня попало только 48 234. "Где деньги, Карл?"

Давайте разберемся, почему так получается.

1) Большинство пользователей, заведя аккаунт в iNaturalist просто не обращают внимание на раздел лицензии. Тем, кто пользуется приложением, в принципе такой выбор невозможен. Между тем, в настройках учетной записи на сайте каждый пользователь iNaturalist предоставляет информацию о том, по какой лицензии он делится своим контентом: фотографиями, звуками (актуально для птиц) и текстовыми метаданными. По умолчанию здесь стоит "Нет лицензии (Все права защищены)". Такие наблюдения никогда не попадут в GBIF - всеобщую сеть всех биологических данных мира. Именно из GBIF мы будем выкачивать данные для "Атласа флоры России" на платформе Цифрового гербария МГУ, поскольку работаем в том же формате данных и гарантированно избавлены, таким образом, от вопросов лицензирования (авторского права) и формата данных. Мы настоятельно рекомендуем всем пользователям поменять лицензии на "свободные" (СС0, CC-BY, CC-BY-NC). Это делается на сайте в настройках учетной записи отдельно для метаданных и отдельно для фотографий. У пользователей приложения есть и личный кабинет на сайте с тем же логином и паролем. Выбрав другую лицензию, не забудьте поставить галочку в поле "Обновить существующие наблюдения новыми вариантами лицензий" и "Обновить существующие фото новыми вариантами лицензий". Рекомендуем лицензию CC-BY-NC (она же CC-BY 4.0 NC) - пользуясь вашими данными, все должны будут ссылаться на первоисточник. Сейчас примерно 20-25% данных по флоре России блокировано настройкой "Нет лицензии (Все права защищены)".

2) Данные по Крыму и Севастополю при отгрузке в GBIF идут в зачет соседней страны. Многие этим недовольны, но такова реальность международной правовой системы. Так что пару тысяч мы всегда будем не добирать. Стоит отдать должное самому iNaturalist, который позволяет без проблем агрегировать крымские данные в наш проект, осуществляя менеджмент по единым стандартам.

3) И, наконец, GBIF принимает данные из iNaturalist раз в две-три недели, поэтому число наблюдений, видимых в GBIF будет отличаться в меньшую сторону от того, что мы видим в табло проекта "Флора России | Flora of Russia" в связи с задержками в экспорте. Вопрос чисто технический.

В общем, самый большой недобор возникает у нас именно в связи с первым пунктом. Мы тут подсчитали: если все российские пользователи поставят правильную лицензию, то в общем зачете мы опередим и Германию, и Италию, а отставание от ЮАР в зачете сосудистых растений будет преодолено уже этим летом.

Не забудьте в профиле, помимо ника, указать свое имя и фамилию (проект международный, так что лучше латиницей): например, Vladimir Medvedev. Так, научная составляющая Ваших данных перестанет быть анонимной.

PS. Какие базы данных дают больше всего сведений о России в GBIF (https://www.gbif.org/occurrence/charts?country=RU):

Moscow University Herbarium (MW) 620,441
Geographically tagged INSDC sequences 196,576
EOD - eBird Observation Dataset 171,034
A grid-based database on vascular plant distributi… 123,054
iNaturalist Research-grade Observations 101,712
EBCC Atlas of European Breeding Birds 80,923
A global database for the distributions of crop wi… 69,255
Arctic Ocean Diversity 62,945
Birds of Norhern Eurasia 62,749
Paleobiology Database 60,192

PPS. Какие базы данных дают больше всего сведений о сосудистых растениях России в GBIF (https://www.gbif.org/occurrence/charts?country=RU&taxon_key=7707728):

Moscow University Herbarium (MW) 554,095
A grid-based database on vascular plant distributi… 123,054
A global database for the distributions of crop wi… 69,255
EURISCO, The European Genetic Resources Search Cat… 51,497
iNaturalist Research-grade Observations 48,234
A grid-based database on vascular plant distributi… 31,669
A grid-based database on vascular plant distributi… 22,625
Flora of the Volga River basin 20,308
Phenological observations of biota on the territor… 20,106
Vascular plants of the Amur River Basin, Russia: s… 12,133

Такими темпами к концу года iNaturalist нашими общими стараниями станет вторым поставщиком GBIF-данных о биоразнообразии России.

Posted by apseregin apseregin, May 25, 2019 19:00

Comments

Thumb

По прежнему народ жадничает с лицензиями?

Posted by beerolha 7 months ago (Flag)
Thumb

Вряд ли (я надеюсь). Из топ-двадцатки наблюдателей только пара человек на жёстких лицензиях. Мне кажется дело в другом: (1) либо впервые об этом слышат (а значит приходится напоминать), (2) либо уже ушли с iNaturalist, (3) либо ленятся зайти в настройки, (4) либо целиком живут в приложении. Есть еще куча пользователей, которые грузят наблюдения на iNat, но не подписались в новости проекта. Как до таких достучаться - не знаю.

Posted by apseregin 7 months ago (Flag)
Thumb

Срафанное радио :)) ну и какие-то посто-картинки-мотиваторы... Есть тут на портале место. которое все видят? :)

Posted by beerolha 7 months ago (Flag)
Thumb

Самое видное - шапка проекта, поэтому объявления про кубок я дублирую как скриншот в виде заставки

Posted by apseregin 7 months ago (Flag)
Thumb

"...мегабаза, агрегирующая данные почти 45 000 баз данных..."
каков источник информации?
и другой вопрос - наш Plantarium не входит пока в эти 45т. ?

Posted by yu_postnikov 7 months ago (Flag)
Thumb

Нет, к большому сожалению. Орешкин был на связи с командой GBIF.ru примерно в октябре, но дело не сдвинулось. Потенциально Плантариум прямо сейчас был бы вторым по объемам источником электронных данных

Posted by apseregin 7 months ago (Flag)

Add a Comment

Sign In or Sign Up to add comments

Is this inappropriate, spam, or offensive? Add a Flag