Кибер-МФК МГУ: весна 2022 г.'s Journal

Ссылка на прямой эфир лекции 2:

https://botanica.getcourse.ru/pl/webinar/show?id=2512468

Уважаемые студенты!

Пожалуйста, до 16 марта 2022 г. выполните следующее домашнее задание.

1) Зарегистрируйтесь на сайте https://www.inaturalist.org/ . Это можно сделать с учеткой Google, FaceBook, Apple или по электронной почте (правда, адреса в зоне .ru не действуют).

2) Установите приложение iNaturalist (есть для iOs и для Android). Проверьте, что приложение связано с вашей учёткой на сайте.

3) Заполните свой профиль через сайт: в настройках учётной записи укажите, пожалуйста, ваше настоящее имя латиницей (например, Evgenya Kanunnikova). Там же в разделе "О себе" обязательно напишите: МГУ, такой-то факультет, такой-то курс. Ваш ник должен включать имя и фамилию, чтобы мы вас легко узнавали (например, lina_desnitskaya, maria_lazareva, shaybin_daniel и проч.). Пример правильно заполненного профиля: https://www.inaturalist.org/people/stepan_lomako . Реальная фотография приветствуется, но не является обязательным элементом.

3a) Если у вас уже есть учётка на iNaturalist, временно поменяйте на этот семестр свой ник согласно пункту 3 и заполните свой профиль. Это важно для контроля выполнения заданий с нашей стороны.

4) Найдите в iNaturalist проект "Кибер-МФК МГУ: весна 2022 г." (адрес https://www.inaturalist.org/projects/kiber-mfk-mgu-vesna-2022-g/), обязательно подпишитесь на него. Фактически, это регистрация на наш курс МФК. Найдите "Журнал проекта" (https://www.inaturalist.org/projects/kiber-mfk-mgu-osen-2021-g/journal) - здесь мы будем каждую неделю публиковать домашние задания.

5) Найдите в iNaturalist проект "Флора России | Flora of Russia" (адрес https://www.inaturalist.org/projects/flora-of-russia?tab=about), обязательно подпишитесь на него, перейдя по этой ссылке: https://www.inaturalist.org/projects/flora-of-russia/join . Будьте внимательны: подтверждение участия находится в самом низу страницы.

6) Убедитесь, что в вашем профиле в закладке "Проекты" отобразились два этих проекта.

7) Заведите учётную запись на сайте https://orcid.org/, заполните свой профиль на латинице. Если у вас есть публикации в международных реферируемых журналах, то их можно добавить к своему профилю. О том, что такое ORCID, можно узнать из второй лекции.

8) Теперь цифровой код вида 0000-0002-1824-7453 (или, например, 0000-0002-2824-544X) - это ваш идентификатор автора электронного контента. Например, наблюдений на iNaturalist. Свяжите свой профиль на iNaturalist и номер ORCID: на сайте iNaturalist в "Настройках учётной записи" выберете закладку "Приложения". В ней нажмите кнопку "Подключиться" напротив слова ORCID. Далее следуйте инструкции. Это можно сделать ТОЛЬКО в браузерной версии (не в приложении).

9) Проверьте результат: в профиле должен появиться зелёный кружок и ссылка вида https://orcid.org/0000-0002-1824-7453 . Теперь ваши наблюдения будут мигрировать из iNaturalist в GBIF не только с вашим именем, но и с уникальным цифровым идентификатором.

После регистрации на платформе iNaturalist вы сможете задавать свои вопросы в виде комментариев к этому посту.

Важно: к началу следующей лекции (16.03.2022) будет автоматически сформирован окончательный список слушателей, доступный по ссылке: https://www.inaturalist.org/projects/kiber-mfk-mgu-vesna-2022-g/members

Ваши преподаватели по курсу:
@apseregin (Алексей Петрович Серегин)
@antennaria (Ксения Вячеславовна Дудова)

Уважаемые студенты!

Мы временно меняем настройки проекта - теперь мы будем видеть на нашей страничке https://www.inaturalist.org/projects/kiber-mfk-mgu-vesna-2022-g/ все ваши наблюдения, в т.ч. архивные. С удовольствием смотрю ваши фотографии. Так держать!

АП

Уважаемые студенты!

Спасибо всем, кто дошёл до этого этапа. Запись на наш МФК здесь будет открыта до тех пор, пока она открыта в вашем личном кабинете на сайте msu.ru. Так что ещё не поздно стать небиологом на один семестр! Для этого нужно посмотреть записи четырёх лекций и сделать две домашние работы. Подробности ниже.

Пожалуйста, до 23 марта 2022 г. выполните второе домашнее задание. Для его выполнения вам придётся сначала выполнить первое домашнее задание (https://www.inaturalist.org/projects/kiber-mfk-mgu-vesna-2022-g/journal/62719-domashnee-zadanie-1-vypolnit-k-16-03-2022 ). Напоминаю, что домашнюю работу можно выполнить только в браузерной версии iNaturalist (не в приложении).

1) Добавьте код ORCID (см. первое домашнее задание) на вашу страницу в ИСТИНЕ (https://istina.msu.ru/ ). Если у вас нет страницы в ИСТИНЕ, то обязательно ее заведите - она пригодится для выполнения контрольного теста.

2) КОНТРОЛЬНЫЙ ТЕСТ

Закрепляем материал первой лекции по GBIF. Кто не был на первой лекции или хочет повторить, вот ссылка на наш канал в YouTube: https://www.youtube.com/watch?v=tX0dhPQ8-EM . Пожалуйста, внимательно пересмотрите первую лекцию (раздел про систему поисковых фильтров GBIF). Для понимания содержания лекции и ответа на тест вам потребуется зайти на страницу https://www.gbif.org/occurrence/search и потренироваться работать с фильтрами.

Ответы на вопросы невозможно списать: сайт GBIF обновляется ежесекундно, поэтому вам нужно будет точно написать дату и время заполнения ответов на вопросы. Студент, который отвечает в 18:45 будет иметь другие ответы, чем студент, отвечающий в 18:58. Ответы, полученные в течение недели, будут выстраиваться в ряды постоянно увеличивающихся цифр, которые мы быстро проанализируем на корректность. Ответить на вопросы нужно до начала третьей лекции 23.03.2022.

Ответ заполняем в гуглоформе. Работать с ней с территории КНР у вас может не получится, с другими домашними заданиями также могут быть проблемы (честно предупреждал об этом всех студентов из Китая на первой лекции). Но сразу предупрежу: это ваши проблемы.

Зайдя в гуглоформу, вы сразу увидите все вопросы. Если вы не знаете, как быстро получить ответы, вы можете изучить их, потренироваться в GBIF и отправить ответы, открыв ссылку позже. При этом укажите актуальную дату и время прохождения теста и введите цифры на момент фактического ответа. Обсуждение того, как получить правильные ответы (взаимные консультации), между студентами приветствуется. Полное совпадение ответов невозможно в принципе, а потому легко выявляется.

Если вы не уверены в своих ответах, вы можете отправить ответы еще раз, отметив повторную отсылку в последнем пункте формы.

Цифры пишите БЕЗ разделителей между разрядами (например, сто тысяч это 100000, а не 100 000 и не 100,000). Это очень важно для автоматической проверки большого объема ответов. Цифра в каждом следующем ответе должна быть меньше чем, в предыдущем.

Ссылка на тест:

https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScNpoH4khx2zAA3iufzVq3cG9OPa6zCc2cL3xjJDr3UJ-yCSQ/viewform?usp=sf_link

Альтернативная ссылка на тот же тест:

https://forms.gle/18xoUmmgndAEJpAk8

Для тех, кто ещё не начал самостоятельное освоение платформы iNaturalist, сделайте свои первые фотонаблюдения растений, животных и грибов в природе. Этот пункт домашнего задания не является обязательным, но поможет вам подготовиться к следующей лекции и будущей самостоятельной работе.

Уважаемые слушатели!

Это домашнее задание поможет вам сделать первые шаги в определении живых организмов. Оно выполняется только на сайте inaturalist.org (не в приложении!).

Вам очень пригодится презентация к последней лекции: https://vk.com/doc10828577_617641262 , а также её видеозапись: https://youtu.be/U2evxgkYWPk

1) По индивидуальной ссылке, размещенной в конце поста, вы найдёте наблюдения, которые совсем не подписаны (категория "Неизвестно"). Их вы увидите через модуль "Идентифицируйте". Вам предстоит ответственная, но несложная задача: сортировать фотографии по крупным группам. Для этого вам нужно внимательно посмотреть еще раз слайды с 11-го по 40-й в презентации (фотоподборки основных групп) и слайды с 76-го по 86-й (инструкция).

2) Пройдя по ссылке, размещенной в конце поста, кликаете на первое наблюдение и (в открывшемся окошке) подписываете свои идентификации крупных групп и перелистываете дальше.

3) Важно!!! Мы подписываем ТОЛЬКО наблюдения, у которых стоит одна лишь крупная чёрная запись "Неизвестно". Если в описании что-то написано, у наблюдения есть комментарии или стоит маленькая серая надпись, начинающаяся со слова "Заполнитель", то такие наблюдения мы пропускаем. Например, мы пропускаем ВСЕ наблюдения с надписью "Форма Жизнь".

4) Что подписывать? Напомню перечень основных "корзинок", по которым мы раскидываем наблюдения (есть в презентации):

РАСТЕНИЯ

Chlorophyta (зелёные водоросли)
Bryopsida (листостебельные мхи)
Marchantiophyta (печёночники)
Polypodiopsida (папоротниковидные)
Pinopsida (хвойные)
Liliopsida (однодольные)
Magnoliopsida (двудольные)

ПОЗВОНОЧНЫЕ ЖИВОТНЫЕ

Mammalia (млекопитающие)
Aves (птицы)
Reptilia (пресмыкающиеся)
Amphibia (земноводные)
Actinopterygii (лучепёрые рыбы)

БЕСПОЗВОНОЧНЫЕ ЖИВОТНЫЕ

Lepidoptera (бабочки)
Coleoptera (жуки)
Hymenoptera (перепончатокрылые)
Diptera (двукрылые)
Odonata (стрекозы)
Malacostraca (ракообразные)
Arachnida (паукообразные)
Gastropoda (брюхоногие)
Bivalvia (двустворчатые)
Annelida (кольчатые черви)

ГРИБЫ

Agaricomycetes (базидиальные грибы)
Pucciniales (ржавчинные грибы)
Ascomycota (аскомицеты)
Lecanoromycetes (лишайники)

ПРОЧЕЕ

Mycetozoa (миксомицеты)
Bacteria (бактериии)
Viruses (вирусы)

Если увидите что-то знакомое, что не указано в этом списке, но вы твердо знаете, что это такое, то набирайте это по-русски (например, "Божьи коровки" или "Клевер"), и iNaturalist подскажет вам, что выбрать.

5) Главный принцип: не уверен - пропускай. Наблюдений очень много (0,2 млн), всем хватит. Когда заканчивается одна страница (30 наблюдений), нажимаете на кнопку "Перейти на следующую страницу".

6) Если вы видите, что перед вами домашнее животное (котик, пёсик, рыбки в аквариуме) или культурное растение (в горшке, на клумбе или в регулярном городском озеленении), то под фотографией у вас есть окошко "В неволе/культивируемое". Пожалуйста, поставьте в нём галочку - к сожалению, многие наблюдатели этого не делают.

7) Таким образом, никто не заставляет вас проявлять блестящие знания систематики растений, грибов и животных, а просто (исходя из общих знаний, которыми обладает студент МГУ) вы сортируете наблюдения. В целом, задача этапа: постараться без ошибок разобрать по крупным группам не подписанные пользователями наблюдения. Эксперты iNaturalist и основные проекты работают с таксономическими фильтрами и если, например, лишайник лежит в "Неизвестном", то ни один лихенолог его не увидит. А после вашей работы такой шанс появляется. Заодно посмотрите на рандомные наблюдения других пользователей.

8) По итогам этого домашнего задания у каждого из вас должно быть не менее 200 идентификаций. Их список будет доступен по ссылке вида:

https://www.inaturalist.org/identifications/aleksandra_kanygina , где aleksandra_kanygina - ваш ник.

На этой странице будет как перечень всех определений, так и их число.

9) ОЧЕНЬ ВАЖНО. Полностью закончив выполнение домашнего задания, отправьте его на проверку. Для этого нужно заполнить короткую гуглоформу:

• Ссылка: https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSeabQVynRPrVe-ZcPtZanaYOgUxcBl4TvjNLoB7yAIwdgo6fw/viewform?usp=sf_link
• Запасная ссылка: https://forms.gle/twnWea8W3jGFwpHW7

В добрый путь! Пожалуйста, не меняйте географический фильтр. Именно из Северной Америки имеется огромный массив не подписанных фотонаблюдений, который лучше всего использовать в учебных целях.

В будущем в ленте вы каждый раз будете получать уведомление, когда ваше определение будет улучшаться или подтверждаться. Пожалуйста, НЕ УЛУЧШАЙТЕ свое первоначальное определение, то есть не подтверждайте дальнейшие определения, поскольку у вас для этого пока не хватает знаний. Всему своё время.

СПИСОК РАБОЧИХ ССЫЛОК. Номер вашей персональной ссылки - последняя цифра номера вашего студенческого билета.
Ссылки регулярно ротируются, сейчас - Северная Америка, весна 2022 г. С помощью url-фильтра исключена категория "Жизнь", однако ссылки загружаются не очень быстро - проявите терпение при первой загрузке.

1) https://www.inaturalist.org/observations/identify?page=20&project_id=97585&without_taxon_id=48460&place_id=97394&created_d2=2022-04-05&createdDateType=range
2) https://www.inaturalist.org/observations/identify?page=50&project_id=97585&without_taxon_id=48460&place_id=97394&created_d2=2022-04-05&createdDateType=range
3) https://www.inaturalist.org/observations/identify?page=80&project_id=97585&without_taxon_id=48460&place_id=97394&created_d2=2022-04-05&createdDateType=range
4) https://www.inaturalist.org/observations/identify?page=110&project_id=97585&without_taxon_id=48460&place_id=97394&created_d2=2022-04-05&createdDateType=range
5) https://www.inaturalist.org/observations/identify?page=140&project_id=97585&without_taxon_id=48460&place_id=97394&created_d2=2022-04-05&createdDateType=range
6) https://www.inaturalist.org/observations/identify?page=170&project_id=97585&without_taxon_id=48460&place_id=97394&created_d2=2022-04-05&createdDateType=range
7) https://www.inaturalist.org/observations/identify?page=200&project_id=97585&without_taxon_id=48460&place_id=97394&created_d2=2022-04-05&createdDateType=range
8) https://www.inaturalist.org/observations/identify?page=230&project_id=97585&without_taxon_id=48460&place_id=97394&created_d2=2022-04-05&createdDateType=range
9) https://www.inaturalist.org/observations/identify?page=260&project_id=97585&without_taxon_id=48460&place_id=97394&created_d2=2022-04-05&createdDateType=range
0) https://www.inaturalist.org/observations/identify?page=290&project_id=97585&without_taxon_id=48460&place_id=97394&created_d2=2022-04-05&createdDateType=range

СТУДЕНТАМ ИЗ КИТАЯ:
https://www.inaturalist.org/observations/identify?page=40&iconic_taxa=unknown&place_id=7887&without_taxon_id=48460

Уважаемые слушатели!

Освоение модуля массовой загрузки наблюдений через сайт (браузерную версию) iNaturalist - главная задача этого домашнего задания. Прежде, чем начать это домашнее задание, вы должны сделать домашнее задание №1 (регистрация), домашнее задание №2 (тест по GBIF) и домашнее задание №3 (идентификации) .

Это домашнее задание будет трудно выполнить накануне лекции (во вторник вечером или утром в среду), поэтому не забудьте о нём в течение трёх недель. Именно столько времени вам даётся на него, поскольку ближайшую неделю в Москве погода будет еще морозной и ненастной.

1) Вам предстоит сделать несколько наблюдений (минимум 10, но лучше "с запасом") в течение одной короткой самостоятельной экскурсии. Не загружайте их на iNaturalist с помощью приложения!!! Каждому из вас предстоит освоить модуль массовой заливки наблюдений через сайт.

2) Требования к наблюдениям:

• каждое наблюдение должно быть подтверждено минимум двумя (можно больше) фотографиями одного и того же организма, которые сделаны в одном месте в одно время (т.е. подряд) - это могут быть разные ракурсы или разные органы, общий вид зарослей;
• каждое наблюдение должно быть сделано вами в период с 31 марта (четверг) по 19 апреля (вторник), архивные наблюдения не принимаются;
• каждое наблюдение не должно документировать культурные растения / домашних животных.

О том, как следует снимать разные группы живых организмов, чтобы их можно было определить, вкратце рассказано в лекции №3 осеннего семестра (c 1:14:00 и до конца лекции). Она была опубликована на нашем канале в YouTube: https://youtu.be/ak5axaF_gp8 . Этот материал вам даётся для самостоятельного освоения.

3) Далее строго следуйте инструкции в этом посте: https://www.inaturalist.org/projects/kiber-mfk-mgu-osen-2021-g/journal/58491-massovaya-zagruzka-nablyudeniy-cherez-sayt-instruktsiya . Этот же порядок действий будет описан в конце шестой лекции. Обратите внимание на проверку геоданных с помощью карты при загрузке. Это материал третьей лекции.

4) Проверка домашнего задания: в течение трёх недель преподаватели и эксперты смотрят в фоновом режиме ваши наблюдения, пишут комментарии, на которые нужно реагировать. Утром в среду 20.04.2022 формируется выгрузка (файл csv) с наблюдениями за последние три недели, в котором как минимум 10 ваших наблюдений должны будут удовлетворять следующим требованиям: сделаны в разное время в один день; иметь статус "Требуется идентификация" или "Исследовательский уровень"; дата и время загрузки с точностью до минуты совпадают (доказательство использования метода массовой загрузки); вы должны быть автором первого определения; в паспорте наблюдения отсутствуют метки использования приложений ("Это наблюдение было создано с использованием: iNaturalist iPhone (или Android) App").

5) Таким образом у КАЖДОГО слушателя МФК к лекции №9 (20.04.2022) должно быть как минимум 10 наблюдений, сделанных по правилам этого домашнего задания.

Напоминаю, что любые действия по подлогу данных (изменение даты и времени фотографий; загрузка чужих фотографий; загрузка фотографий одного наблюдения по отдельности для накрутки счётчика) легко выявляются и влекут немедленное удаление из проекта.

Домашнее задание досрочно зачтено участникам, освоившим модуль массовой загрузки самостоятельно (по итогам анализа текущей csv-выгрузки проекта):

@alexander_dashkov
@anna_solodova
@gleb_kolotygin
@ksenia_spiridonova
@maksim_sergeev
@nikolay_svirin
@vera_sokolova
@yuliya_shirobokova

Эти слушатели могут продолжать наблюдения до лекции №9 по собственному желанию и загружать их любым удобным способом.

Начинаем запоминать самые обычные растения и животных, снятых вами. Просьба постараться не фотографировать следующие виды, по которым накоплено уже больше всего студенческих данных:

Sciurus vulgaris (обыкновенная белка)
Anas platyrhynchos (кряква)
Sonchus oleraceus (осот огородный)
Pinus sylvestris (сосна обыкновенная)
Tadorna ferruginea (огарь)

Если вы их случайно на следующей неделе сфотографируете и загрузите, ничего страшного в этом нет (ни в коем случае не удаляйте эти снимки) - просто поучитесь их распознавать.