November 15, 2020

(続)絶滅危惧種の保全状況の登録について

@harumkoh , @keitawatanabe , @skycat , @genjitsu , @sable
お世話になっているユーザー、キュレーターの皆様

いつも色々お手数をおかけします。
今年の6月ころからiNaturalistに環境省レッドリストの情報を一括登録しようと動いていて、何人かの方からは意見を伺ったりリストの作成にご協力いただいてきました。この件に関してやっと進展がありましたので、その共有と、今後の進め方についてご相談をさせていただきたく投稿しました。

これまでの議論(https://www.inaturalist.org/journal/utchee/38308 )を踏まえて、「位置情報を”公開”(ユーザー側で任意に設定できる)にしてレッドリスト掲載状況を登録する」方針にて、運営に一括登録用のファイルを送って依頼をしておりました。

昨日その返信があり、特に、すべてを「公開」でバッチ登録する(=レッドリスト種はユーザー自身で自主的に不明瞭として設定してもらう)ことの是非について運営内で話し合われた結果、次の理由から全て公開とするのは現実的ではないとの回答がありました。
(1) 正確な同定が付く前に、投稿したユーザーがiNaturalistから離れてしまうおそれがある
(2) 不明瞭にする方法を知らないユーザーも多い
(3) 単純に、ユーザーが不明瞭にしたくない場合もありうる

ただ、これで全てを「不明瞭」として登録するのでは失われる情報も大きいので、どこまでを不明瞭とするか、改めて議論してから依頼を出し直してほしいとのことでした。


そういうことで、取りまとめが大変なのですが、まず、次のことについてご意見などがありましたらコメントをいただけると幸いです。

1.議論する場所として、ここ(私のジャーナル投稿)よりも、日本のユーザー、キュレーターがもっと確実に目に留める場所がよいのではないか?

まず、改めて全ての分類群の取り扱いを議論するとなると、個々に意見がある方もいらっしゃるかと思います(例えば植物であれば、ラン科は一律に不明瞭にしたほうが良いと個人的に思います)。そのため、改めて議論する場所としては、例えばiNatから直接のリンクがあるiNatForumなどを使ったほうがよいかもしれません。ただ、iNatForumはiNaturalistと別にアカウント登録が必要なので、それはそれで手間なのですが…。
@harumkoh さんは特に長年iNaturalistに関わってこられたと思いますが、日本のなるべく多くのユーザーに目を通してもらうノウハウをもしご存知でしたら、アドバイスをいただけると大変有り難いです。

2.議論に加わっていただいたほうがよい方がいらっしゃれば、教えていただきたいです。

自分も普段から全ての分類群を見ているわけではないので(植物以外は手薄です…)、それぞれの分類群で普段から投稿をされる方や、プロジェクトの管理者などで意見を伺えそうな方がいらっしゃればご教示いただきたいです。

ご協力のほど、何卒よろしくお願いいたします。

Posted on November 15, 2020 14:26 by utchee utchee | 7 comments | Leave a comment

October 18, 2020

[taxon swap]シラヤマギクの学名変更: Doellingeria scabra → Aster scaber

シラヤマギクの学名と和名が、Doellingeria scabraAster scaberにそれぞれ登録されていましたので、フラグを立てたところ、シノニムであるD. scabraA. scaberへ入れ替える変更が行われました。

<参考>
フラグ:https://www.inaturalist.org/flags/506850
変更処理:https://www.inaturalist.org/taxon_changes/83917

POWO:http://www.plantsoftheworldonline.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:201906-1
YList:http://ylist.info/ylist_detail_display.php?pass=30463

Posted on October 18, 2020 18:09 by utchee utchee | 0 comments | Leave a comment

September 24, 2020

iNatの和名-学名対照表

開発者ページで公開されているデータをもとに、日本語名が登録されている分類群と学名の対照表を作成しました。

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1MiQy76Jvq7EUYp_f1ITlVt_d9RKKReNrzcbKjXxPCyo/edit?usp=sharing
(最終更新:2020年10月1日現在)

研究者などのRを使える方は、下記のコードから生成できます。

https://gist.github.com/yuchiyama8712/47bc5ab303ebaf1c301d044c0143feab

毎月1日にデータが更新されるので、気付き次第、この表も更新していく予定です。

Posted on September 24, 2020 19:49 by utchee utchee | 0 comments | Leave a comment

July 13, 2020

絶滅危惧種の保全状況の登録について

@keitawatanabe , @skycat , @genjitsu , @sable
標記についてご相談させていただいた皆様

いつも同定のほか、様々なご協力をいただきありがとうございます。
iNaturalistでは、IUCNレッドリストのほか、北米を中心に国・州レベルで絶滅危惧種の保全状況が登録されています。これまで日本では環境省レッドリストの掲載状況は登録されてきませんでしたが、最近、日本語名の修正、サイトの日本語翻訳や固有種情報の登録など、皆様に改善をしていただいておりますので、この際、絶滅危惧種情報も登録していければと考え、掲示板や個別でのご相談をさせていただいてきました。
それらの種については、保全状況を登録するとユーザー投稿時の設定にかかわらず位置情報を不明瞭(約20×20kmメッシュ)や非公開とすることが可能となるため(投稿者、iNatスタッフ、プロジェクトの管理者だけがピンポイントの位置をみることが可能)、ジオプライバシーの運用をどうしたらよいかが論点となっていました。

様々なご意見をいただいたのですが、それらを集約したところ、個人的には「保全状況は入力するが、位置情報は一律公開にする」案で進めてはどうかという案に現状落ち着いております。
理由としては、乱獲・盗掘リスクはもちろん重々承知していますが、後述のとおり、サイト全体としてユーザーの自由を制限する運用は最低限に抑えるべきではないかという考えに納得したからです。
また、どの分類群のどのレベルまでを公開制限するかは、日本の各分類群(あるいは種レベル)の詳しいユーザーの間でその都度決めたほうがよいとも考えます。その意味でも、まずはレッドリストの状況だけ登録しておくことが妥当のように思います。

改めて、公開/不明瞭/非公開のそれぞれのメリット・デメリットをまとめてみましたので、お忙しいところ恐縮ですが、補足コメントや意見がありましたらいただけますと幸いです。
また、個別に相談をしていた都合、意見を伺える方が限られていたため、追加でコメントをいただいたほうがよい方がいらっしゃいましたら、@にてお声がけを頂けますと大変有難いです。

どうぞよろしくお願いいたします。

  • 公開とした場合
    メリット
    ・iNatが市民科学のツールである点をふまえると、「ユーザー自身が希少種を認識して保全について考え、適切な選択をする機会」を担保することが、サイトの趣旨としては正しい選択なのではないか。また、長い目で見ても科学リテラシーを広げることにつながるのではないか。
    ・乱獲や盗掘以外の要因(開発行為や地球温暖化)で希少となっている種については、位置情報を公開可能としておけば保全に活用する機会を提供できる(Curators Guideのジオプライバシーの項も参照)
    デメリット
    ・ユーザーの性善説に委ねなければならないところ。
    ・ユーザー、キュレーターが巡回して、乱獲/盗掘リスクの高い種を公開しているユーザーを個々に注意していく必要がある。

  • 不明瞭とした場合(環境省の「いきものログ」はこれとほぼ同じ運用です)
    メリット
    ・現実的に特定が困難な範囲へ位置情報を不明瞭にできるところ。
    ・非公開と比べて、種同定に支障をきたさないところ。
    デメリット
    ・一律で不明瞭とすることで、詳細な位置情報が研究や保全の実務に生かされる機会を奪うことにつながる。

  • 非公開とした場合
    メリット
    ・乱獲/盗掘リスクの高い種について、生息地をより推測しづらくできる
    デメリット
    ・場所で購読/探索(同定作業)しているユーザーが気が付かなくなる
    ・位置情報を非公開としたとしても、写真の背景などから生息地を推定することは可能であるため、非公開とするメリットは低い
    ・分布情報が研究に生かされる機会を失ってしまう

Posted on July 13, 2020 20:18 by utchee utchee | 15 comments | Leave a comment

June 15, 2020

種名の自動判定機能の修正リストを募集しているようです

こんにちは。このところ、落ち着いて投稿や同定作業ができずにおります。
さて、iNatForumにて、同定時に出る種名提案について、よく間違って判定されるものを修正しようとの提案がされていますので情報共有をいたします。

https://forum.inaturalist.org/t/computer-vision-clean-up-wiki/7281
以下は、フォーラムの記事前半部分を機械翻訳(DeepL)で日本語訳したものです。


コンピュータビジョン(CV)の提案に基づいて、頻繁に誤認されている種をこのリストに追加してください。これは「クリーンアップ」リストです。コミュニティが追いついていくのが困難な種、例えば、同定を行う人が少ない種や、一般的に見落とされているグループのような種のみを加えてください。大まかな経験則として、その種は現在誤同定されている少なくとも〜100の観察があるはずです。このトピックは、すでにコミュニティが再同定することでうまく処理されている種のためのものではありません。とはいえ、もしあなたが圧倒されていると感じている、再同定しようとする努力に一人でいるように見える、あるいはIDを修正するのに疲れているように見えるなら、私はそれがここに含める資格があると思います。

*** 返信する前にお読みください。

  1. このトピックはwikiです。この投稿を直接編集してください。種族の提案で返信しないでください。編集ボタンはこの投稿の右下にあります。
    フォーラムに初めて参加される方は編集ボタンが表示されていないかもしれません。フォーラムが初めての方は編集ボタンが表示されていないかもしれませんが、@forum_moderatorsにプライベートメッセージを送ってください。

  2. このトピックは、上記の種として同定されたオブザベーションを "片付け" / 再同定するための助けを得るためのものであり、CVによって一般的に誤同定されているすべてのものをリストアップするためのものではありません。コンピュータビジョン以外の理由で誤認されている種のためのトピックではありません。
  3. これは、コンピュータビジョンの仕組みや人がどのように使うかを議論するトピックではありません。CV に関連した機能要求を提案したり、CV に関する質問をしたり、余計な議論を始めたりしたい場合は、まず FAQ 2 を読んで、このテーマに関する以前のトピックを探すようにしてください。

共通テーマ

  • 他のコンピュータビジョンの提案の中で、近縁種がほとんど含まれていない。
  • 典型的なiNatの写真に基づいて、専門家でさえも種の同定が困難または不可能である。
  • rank=speciesで修正を追加できる専門知識を持った識別子が少ない
  • 視覚的には他の多くの種に似ているが、他の種はそうではないが、たまたま十分な観察結果が蓄積され、提案に含まれるようになった。
  • 広範囲に分布(複数の大陸)しており、"国境のパトロール "が難しい
  • その名前で知られている唯一の生物のように見えるように、(ある時点で)過度に広い一般的な名前を付けた。
  • Trombidium holosericeumの "red velvet mite mite"、Chrysoperla carneaの "common green lacewing"、Pepsisの "tarantula hawk hawk sps "など。
  • 植物について:不正確に識別されたままの大量の植え込み(カジュアルグレード)の観察

Posted on June 15, 2020 23:08 by utchee utchee | 0 comments | Leave a comment

May 29, 2020

分類群の和名(日本語名)の付け方について議論をしています

@harumkoh , @keitawatanabe , @skycat , @otaharuo , @glycymeris , @bunchou
いつもお世話になっている皆様

iNaturalist日本語ユーザー向けwikiに設置した掲示板にて、 @genjitsu さんと @sable さんを中心に和名の付け方に関して議論がおこなわれています。
https://wikiwiki.jp/inat-jp/%E9%9B%91%E8%AB%87%E6%8E%B2%E7%A4%BA%E6%9D%BF

もしよろしければ、普段投稿・同定されている分類群の事情や使い勝手について、掲示板にて意見やコメントをいただきたく存じます。

和名について、これまで挙がっているものでも
・「カタカナ+(漢字またはローマ字)」と併記しているものを別名に分けたほうが良いか
・昆虫の亜種は「種名+地域亜種」に統一するかどうか(例「オオゴキブリ 八重山列島亜種」)
・貝類や植物の「学名のカタカナ読み+和名」の扱い(例:「ソデボラ/スイショウガイ科」)
・植物、特に園芸種をカタカナにするか漢字表記にするか
・植物の和名につけている(広義)表記の使い方
などについて話し合われています。
他にも気になることがありましたら、追加していただければと思います。

ご協力よろしくお願いいたします。

Yoshimasa Uchiyama ( @utchee )

Posted on May 29, 2020 12:10 by utchee utchee | 4 comments | Leave a comment

April 21, 2020

[taxon swap]フタリシズカの学名変更:Chloranthus japonicus → C. serratus

概要
ヒトリシズカの学名は、シーボルトの記載によってChloranthus japonicus Sieboldとされてきました。しかしOhba & Akiyama (2014)によって、シーボルトの原資料の主体はフタリシズカ(Chloranthus serratus (Thunb.) Roem. & Schult.)であったことが判明したため、ヒトリシズカの学名はこれ以後Chloranthus quadrifolius (A. Gray) H. Ohba & S. Akiyamaとされています。
したがって、Chloranthus japonicusはフタリシズカChloranthus serratusのシノニムになりますが、この異名関係が反映されていなかったためswapを行いました。

なお今回のスワップによって、韓国からロシア沿海地方にかけての36観察記録にIDの変更が生じています。中にはヒトリシズカも多数混ざっていたので同定を付け直していますが、もしチャラン属の記録で気がついたものがありましたら、同定の修正などご指摘お願いいたします。

Posted on April 21, 2020 05:06 by utchee utchee | 5 comments | Leave a comment

March 19, 2020

[taxon merge]アカネの学名統合:Rubia akane + R. akane erecta → Rubia argyi

Posted on March 19, 2020 05:04 by utchee utchee | 0 comments | Leave a comment

[checklist]Deviations between POWO and YList (or other regional authorities)

I've been checking deviations between POWO and YList or other checklists as occasion arises. Almost all I edited existing taxon framework relationships made by @loarie .

Taxon framework relationship(iNaturalistとPlant of the World Onlineの分類体系の違いを紐付ける仕組み。各分類群のページ→分類→Taxonomy detailsで確認できる)を随時チェックしているので、どの種を修正したか忘れないようにするための備忘録です。

-- Aug 02, 2020

-- Jul 13, 2020

  • Ranunculus nipponicus
  • ミシマバイカモ Ranunculus nipponicus var. japonicus
  • オオイチョウバイカモ Ranunculus nipponicus var. major
  • イチョウバイカモ Ranunculus nipponicus var. nipponicus
  • バイカモ Ranunculus nipponicus var. submersus
    https://www.inaturalist.org/taxon_framework_relationships/256456

-- Apr 14, 2020

-- Mar 22, 2020

-- Mar 19, 2020

Posted on March 19, 2020 04:42 by utchee utchee | 0 comments | Leave a comment

March 07, 2020

[taxon swap]クズの学名変更:Pueraria lobata → Pueraria montana var. lobata

クズの学名がtaxon swap(学名の置き換え)により2020年03月06日に変更されました。
https://www.inaturalist.org/taxon_swaps/45702

これにより、和名で「クズ」を検索すると、変更後の学名が参照されるようになります。
YListには非準拠となってしまいますが、日本国外で侵略的外来種となっていることを鑑み、また全世界的にユーザーの利便性を図るためにも、キュレーターガイドに則ってPOWOがacceptedとした学名へ統一するという今回の対応は、私としては正しい判断だったと考えています。

自分自身が関わった変更ではありませんが、お知らせと備忘録として投稿しておきます。
@でお知らせいただきました @harumkoh さん、ありがとうございました(flagにずっと気づかず、また変更確定に返信間に合わず申し訳ありませんでした…)。

余談ですが、種内分類群で今回のswapに伴って移された
Pueraria lobata ssp. thomsonii → Pueraria montana var. thomsonii
は、Catalogue of Life 2019ではPueraria montana var. chinensis をaccepted nameにしています。
http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/2019/details/species/id/e7019ca2eb47bd39c42c032743dad930/synonym/eecee8f7db02decd0fa78cdc7d639ff9
また詳しい経緯を追いかけてみたいと思いますが、
シナクズ(Pueraria montana ssp. chinensis)とPueraria montana var. thomsoniiは、統合の必要があるのかもしれないです。
https://www.inaturalist.org/taxa/627634-Pueraria-montana-chinensis

Posted on March 07, 2020 19:30 by utchee utchee | 2 comments | Leave a comment